Monitorowanie VAT dotyczy wszystkich projektów zrealizowanych w ramach Priorytetu I i III ZPORR (poza Działaniem 3.4), w których podatek VAT zgodnie z umową o dofinansowanie był wydatkiem kwalifikowalnym. Celem weryfikacji jest sprawdzenie, czy w projekcie nie zaistniały przesłanki do zwrotu podatku VAT.
Zgodnie z Zasadą nr 7: VAT i inne podatki oraz opłaty rozporządzenia Komisji nr 448/2004 zmieniającego rozporządzenie (WE) nr 1685/2000 ustanawiające szczegółowe zasady wprowadzenia rozporządzenia Rady (WE) nr 1260/1999 w sprawie kwalifikowania wydatków związanych z projektami współfinansowanymi z Funduszy Strukturalnych i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1145/2003, VAT nie jest kosztem kwalifikowalnym, chyba że jest rzeczywiście i ostatecznie ponoszony przez beneficjenta końcowego lub indywidualnego odbiorcę pomocy w ramach programu pomocowego na podstawie Artykułu 87 Traktatu lub pomocy przyznanej przez organy wyznaczone przez Państwa Członkowskie. VAT podlegający zwrotowi nie może, w żadnym przypadku, być uważany za koszt kwalifikowalny, nawet wtedy, gdy beneficjent końcowy lub indywidualny odbiorca pomocy nie uzyska jego zwrotu.
Kwalifikowalność podatku VAT jest zagadnieniem niezależnym od kwestii trwałości projektu, do której odnoszą się zapisy umowy o dofinansowanie. Zasada nr 7 Rozporządzenia Komisji Europejskiej nr 448/2004 z dnia 10 marca 2004 r. uzależnia refundację podatku VAT jedynie od możliwości jego odliczenia w świetle obowiązujących przepisów.
